L’association MIR est administrée par un conseil d’administration qui peut compter jusqu’à 12 membres.
Un bureau (constitué le plus souvent du président du MIR, de son secrétaire et de son trésorier) prépare les travaux du conseil d’administration, qui se réunit 3 fois l’an sous la dénomination de comité national du MIR ; 2 co-présidents du MIR, l’un de la communauté catholique, l’autre de la communauté protestante, assurent la gestion des affaires courantes et surveillent l’application des décisions prises en comité national.

Les membres du conseil d’administration sont élus par l’assemblée générale : les adhérents de l’association sont invités à participer à l’assemblée générale annuelle. En général, celle-ci a lieu en mars.

C’est l’assemblée générale qui fonde l’activité de l’association ; elle détermine les activités à conduire et fixe les moyens financiers et humains nécessaires à la réalisation de ces actions. Elle évalue aussi l’action conduite l’année précédente, en approuvant le rapport moral du président et le rapport financier du trésorier. Elle désigne aussi par un vote, les adhérents qui sont chargés de représenter l’association dans la vie courante.
Ces actes sont fondamentaux dans la vie d’une association ; ils font l’objet d’un rapport écrit et leur compte-rendu est tenu dans un registre consultable au siège, à tout moment, par les adhérents.

Au 31 décembre 2006, les membres du comité national du MIR sont :

Maria BIEDRAWA, présidente
Christian RENOUX  trésorier
Michel CALLEWAERT
Annie MARQUER
Chantal DELAFORGE 

Au 31 décembre 2008, le MIR compte près de 150 adhérents et plus de 500 abonnés à sa publication « Les Cahiers de la Réconciliation ».